Будет ли отличаться бухгалтерский баланс при ведении учета кассовым методом и методом начисления?

Добрый день. Я новичок в бухгалтерии. Будет ли отличаться бухгалтерский баланс сформированный при ведении учета кассовым методом и ведении методом начисления? Надо сдавать отчетность, формирую ее в 1С:Предприятие, выходит разница между выручкой в отчёте о финансовых результатах и доходом в Книге учета доходов и расходов. Предприятие на УСН (доходы). Местные бухгалтера говорят: отчетность в налоговую лучше сдавать через программу "Налогоплательщик ЮЛ" и сделать так чтобы не было расхождений, чтобы не было дополнительных вопросов. Вот меня и интересует будет ли баланс меняться?